La Universidad EARTH fue creada en 1986 por Ley de la República de Costa Rica (Ley N° 7044), la cual definió una estructura de dos juntas que otorgan el liderazgo a la Institución.
Bajo esta ley, las actividades académicas y la dirección estratégica de la Universidad EARTH son definidas por un Consejo Directivo, compuesto por 12 miembros costarricenses y extranjeros. Por otro lado, se designó una Junta de Fiduciarios de cinco miembros para la supervisión, administración e inversión de un fideicomiso. Por sus cargos, el presidente del Consejo Directivo es uno de los cinco fiduciarios y el presidente de la Junta de Fiduciarios ocupa una de las posiciones en el Consejo Directivo.
Los donantes fundadores creían que esta estructura de dos juntas tendría un equilibrio capaz de restringir el gasto y asegurar la autosuficiencia financiera en el largo plazo.
En 1997, se estableció la Fundación Universidad EARTH, una organización de beneficencia pública registrada 501(c)(3) ante la Hacienda Pública, con oficinas centrales en Atlanta, Georgia, Estados Unidos. Esta organización apoya la misión educativa de EARTH y cuenta con una Junta de Fiduciarios que monitorea la recaudación, la distribución y el rendimiento de inversión de estos fondos, en coordinación con el Fideicomiso de EARTH.
El trabajo conjunto de estos consejos ha contribuido significativamente al éxito de EARTH. Además de la participación de los presidentes de los consejos en ambas juntas, un directivo de EARTH participa como fiduciario de la Fundación Universidad EARTH. Además, estas juntas se reúnen conjuntamente al menos una vez al año o con mayor frecuencia cuando sea necesario y existe una permanente comunicación entre ellos y la administración de EARTH.
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